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館舍前身為日治時期「日本郵船一基隆出張所」，由總督府民政部土木局的森山松之助技師和井手薰技師所設計，竣工於1915年5月4日，當時為日本郵船株式會社所有，是日治時期基隆西岸碼頭重要地標，對於基隆航運地位具有特殊之指標意義。二次世界大戰時，尖塔被擊毀，目前僅能從外牆立面以及復古典雅的圓弧型廊，大致看出日治時期的舊貌。
陽明海運公司基於對海洋文化傳承的高度關懷，對歷史建築「活化」的再利用，乃於2003年起重新規劃整建，並於2004年12月28日修繕竣工開館啟用，期望透過各種文化、藝術、教育、特展及活動等多元方式，積極投入推廣海洋文化教育工作。