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位於東京八丈島臨海所建的海洋設施「太平洋浮標」，
為了正式啟動連結世界各地警察機構的即時影像監視器系統，因此廣邀世界各國的工程師，為連接歐洲刑警機構的監控網路系統來進行共同研發，而應用臉部辨識的某個「新技術」也同時一併進行了測試。

另一方面，在園子的招待下，柯南與少年偵探團也為了賞鯨來到八丈島。柯南接到沖矢昴(赤井秀一)的電話，得知歐洲刑警機構職員在德國被琴酒殺害的消息。對此深感不妙的柯南，決定跳上開往「太平洋浮標」的專屬警備艇企圖潛入設施，而黑田兵衛等警視廳相關人員正好也在艇內.......