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民國七十六年由行政院文建會委託中央研究院動物研究所張崑雄博士主持該研究規劃專案，標示出本館旨意在闡揚地域性海洋資源及文化特色，使用能將過去海洋發展的歷史以及今日人們對海洋的瞭解，甚至未來對海洋的開發方向做一銓釋，並從人文及自然科學的觀點，將與海洋有關的事物加以有系統的收集、整理和展示。