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大佳碼頭位於圓山基隆河左岸，圓山昔稱圓仔山，是大龍峒地形上的龍頭之地，由於基隆河流經，過去曾是海水進出的湖沼地區，經過開挖發掘的圓山遺址及貝塚，證明當時先民生活的位址。緊依著圓山的劍潭之地，因國姓爺鄭成功插劍水潭取水而得名，日據時期日人曾於今圓山飯店旁忠烈祠西側之地，興建臺灣神社及神宮外苑花園，由此可見其地理位置之重要性。

大佳碼頭位於基隆河南岸、大直橋以西約200公尺的地方。這裡是「藍色公路」的遊艇碼頭，從這裡有大佳到圓山、大佳到內湖科學園區單點來回兩個航線。