南方四島國家公園主要由東嶼坪嶼、西嶼坪嶼、東吉嶼、西吉嶼及其周邊礁岩所構成,是生態旅遊的重要據點。海底隱藏著一片水下薰衣草森林,形成神秘夢幻的紫色珊瑚礁,自岸邊即可清晰眺望,呈現如夢似幻的奇景。東嶼坪嶼為澎湖群島最後一座由火山熔岩形成的島嶼,珊瑚礁覆蓋率高,海底生態豐富,陸域開發少,保有原始風貌。島上留存傳統澎湖建築,如玄武岩與珊瑚石灰岩砌築的「澎湖厝」及「菜宅」。聚落集中於西側與西南側窪地,閩南式傳統建築順風遮坡地而建,梯田式菜圃與農地位於南北塊界,反映昔日農業生活。後山區域擁有大面積玄武岩柱狀節理,包含海蝕溝、海蝕柱、海蝕洞,以及因熔岩冷卻時間差異形成的柱狀與板狀節理地形。
西嶼坪嶼位於東嶼坪嶼西北,地形呈長方形「平頂山」狀,聚落無法環繞港口,只能選擇平坦山頂,居民集中於低窪梯田區。自碼頭通往聚落中心約50公尺長的「好漢坡」兩側,皆為玄武岩與熔岩塊砌築的傳統澎湖民居。因聚落多位於島嶼南端,北端呈現多樣地質景觀,包括礫石海岸。礫石灘左側可見「鐵砧嶼」,遠眺則有塘塭嶼。現今居民多已遷離,老屋傾圮,保存最完整者為「花宅宮」,其神龕設計與供桌擺設仍可窺見昔日風華。
東吉嶼(又名東吉島)位於臺澎航線戰略位置,早期為臺灣與澎湖海上貿易轉運站,有「小上海」之稱。日治時期於島嶼南北興建軍事據點與燈塔,派兵駐守,形成臺澎間第一道海上屏障。北端興建的東吉燈塔亦為島上最高點,居民放牧羊群於此,登丘可見黑白相間羊群低頭吃草,畫面恬靜。
西吉嶼(又名西吉島)亦為臺澎航線重要據點,因交通不便、位置偏遠,居民生存不易,人口銳減。1978年7月1日政府輔導遷村,島嶼自此荒廢。著名景點「西吉藍洞」為澎湖獨特的垂直海蝕洞,因無人干擾,仍保持原始風貌。