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全台首座以微生物為主題的博物館，設立於2011年1月，是由拜寧生物科技集團結合一群台灣及美國的微生物專家共同籌劃設立，命名菌寶貝是取台語發音”很寶貝”的諧音，蘊涵菌的"寶貝或寶藏"的意義。設立的初衷，是有感於一般大眾對於生活週遭無所不在的微生物仍知半解，甚至排斥與恐懼，我們希望藉由菌寶貝博物館設，以互動式導覽、體驗探索方式教導民眾正確的微生物知識，讓大家對微生物世界能有更進一步的認識，同時了解到，在大自然環境中並不一定都是壞菌，也有各種對人類有益的寶貝菌。